FC Jayhun ist ein usbekischer Fußballverein aus der Stadt Qarshi. Er ist nach dem Fluss Dschajchun benannt.
Der Verein wurde 1991 gegründet und spielte zunächst in der höchsten Spielklasse des Landes, der Oliy Liga. Im Jahr 2003 stieg der Verein jedoch in die zweite Liga ab. Im Jahr 2008 gelang ihm die Rückkehr in die erste Liga, doch nach nur einer Saison musste er wieder absteigen.
Seit 2009 spielt FC Jayhun wieder in der zweiten Liga. In der Saison 2016 wurde der Verein Meister der zweiten Liga und stieg damit wieder in die erste Liga auf. Im Jahr 2017 belegte der Verein den 13. Platz in der ersten Liga und konnte damit den Klassenerhalt sichern.
Der größte Erfolg des Vereins war der Gewinn des usbekischen Pokals im Jahr 2002.
Die Heimspiele von FC Jayhun werden im Markaziy Stadium in Qarshi ausgetragen. Das Stadion hat eine Kapazität von 10.000 Plätzen.
Die Vereinsfarben von FC Jayhun sind grün und weiß.
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