FC Helios Tartu ist ein estnischer Fußballverein aus Tartu. Der Verein wurde 1996 gegründet und spielt in der estnischen Meistriliiga, der höchsten Spielklasse des Landes. Die Heimspiele trägt der FC Helios Tartu im Tamme-Stadion aus.

Der größte Erfolg des Vereins war der Gewinn des estnischen Pokals im Jahr 2010. Darüber hinaus wurde der FC Helios Tartu zweimal estnischer Vizemeister (2009 und 2011) und zweimal estnischer Supercup-Sieger (2010 und 2012).

Zu den bekanntesten Spielern, die für den FC Helios Tartu gespielt haben, gehören:

* Sergei Terehhov
* Sander Post
* Kaarel Kiidron
* Siim Luts
* Gert Kams