Der FC Zenit Tallinn (estnisch: FC Zenit Tallinn) ist ein estnischer Fußballverein aus der Hauptstadt Tallinn. Er trägt seine Heimspiele im Kadriorg-Stadion aus, das bis zu 5000 Zuschauer fasst. Der Verein wurde 1997 gegründet und spielt seit der Saison 2016 in der estnischen Meistriliiga, der höchsten Spielklasse des Landes.

Der FC Zenit Tallinn ist einer der erfolgreichsten Vereine in Estland. Er hat den estnischen Pokal vier Mal gewonnen (2005, 2006, 2010 und 2014) und wurde einmal estnischer Supercupsieger (2010). In der ewigen Tabelle der Meistriliiga belegt der Verein den fünften Platz.

In der Saison 2022/23 belegte der FC Zenit Tallinn den dritten Platz in der Meistriliiga und qualifizierte sich damit für die Conference League.