Der FC Molniya ist ein russischer Fußballverein aus Omsk. Er wurde 1987 gegründet und spielte in der Saison 1992 in der höchsten russischen Spielklasse, der Premjer-Liga. Nach dem Abstieg in die 1. Division gelang 1994 der sofortige Wiederaufstieg. In der Saison 1995 wurde der Verein jedoch erneut Letzter und stieg wieder ab. Seitdem spielt Molniya in der 2. Division oder in der 3. Liga.
Die Heimspiele trägt der Verein im Krasnaja-Swesda-Stadion aus, das 18.500 Zuschauern Platz bietet. Die Vereinsfarben sind Blau und Weiß.
Der größte Erfolg des Vereins war der Gewinn des russischen Pokals im Jahr 1992. Im Finale besiegte Molniya den FK Spartak Moskau mit 2:0.
Zu den bekanntesten Spielern des Vereins gehören der ehemalige russische Nationalspieler Jewgeni Busmanow und der ehemalige moldawische Nationalspieler Serghei Rogaciov.
In der Saison 2022/23 spielt Molniya in der 2. Division, der dritthöchsten russischen Spielklasse.
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